JAやJF(漁協)が組合員や地域のみなさまからお預かりした貯金は、組合員や地域のみなさま・企業・地方公共団体などに融資され、余裕資金が都道府県段階の信農連・信漁連に預けられます。これらの資金は、信農連・信漁連により農業・漁業団体、農業・漁業に関連する企業、地方公共団体などに融資され、余裕資金が当金庫へ預けられます。
当金庫では、系統信用事業の全国機関として、こうして預けられた安定した資金を集中運用しています。
なお、JA・JF(漁協)・信農連・信漁連・当金庫では、組合員や地域のみなさまの大切な預貯金を安心してお預けいただくために、国の公的な制度である農水産業協同組合貯金保険制度に加入しています。